Pseudomonas
Las bacterias que pertenecen al grupo de Pseudomonas son habitantes comunes del suelo y el agua, y también se pueden encontrar en las superficies de plantas y animales. Las bacterias Pseudomonas se encuentran en la naturaleza tanto en forma de biofilm o en forma planctónica. En esta última forma la célula individual puede mostrar una motilidad extremadamente alta debido a la presencia de flagelos polares. Las bacterias Pseudomonas son reconocidas por su versatilidad metabólica, ya que pueden crecer en una variedad de condiciones de crecimiento y no precisan de factores de crecimiento orgánicos. Algunas cepas están descritas como patógenos de plantas, y algunas cepas son patógenas para los seres humanos.
Biología de Pseudomonas stutzeri 
Pseudomonas stutzeri es una bacteria no fluorescente desnitrificante ampliamente distribuida en el medio ambiente, aunque también ha sido aislado como patógeno oportunista de humanos. Durante los últimos 20 años se ha avanzado mucho en la dilucidación de la taxonomía de este grupo tan diverso, demostrandose la clonalidad de sus poblaciones. La especie ha recibido mucha atención debido a sus propiedades metabólicas particulares: se ha propuesto como organismo modelo para estudios de desnitrificación (cepa ZoBell); muchas cepas tienen propiedades de transformación natural (cepa JM300), por lo que son relevantes para el estudio de la transferencia de genes en el medio ambiente; varias cepas son capaces de fijar nitrógeno, y otras participan en la degradación de contaminantes o interactúan con metales tóxicos.
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Los estudios filogenéticos multigénicos de las cepas de P. stutzeri demuestran que pertenecen a la misma rama, junto con especies afines dentro del género. Sin embargo, es una de las especies genéticamente más diversas descritas hasta ahora, con muchas capacidades metabólicas. Como consecuencia, su distribución es casi universal, ocupando una gran variedad de nichos ecológicos, incluyendo el cuerpo humano. P. stutzeri es un organismo relevante principalmente desde 3 puntos de vista:
1. Biorremediación: Pseudomonas stutzeri ha desarrollado sistemas para garantizar la disponibilidad de metales esenciales y, simultáneamente, para manejar la toxicidad de metales, mediante la síntesis de sideróforos especiales que se combinan con Co, Cu, Fe y Ni;
2. Energía Alternativa: Pseudomonas stutzeri está implicada en la producción de energía en muchos hábitats naturales y artificiales (biodigestores) a través de su capacidad para hidrolizar polímeros mediante la producción de diferentes tipos de amilasas, necesarias en la preparación de la biomasa para la producción de biogás o bioalcohol; y
3. Ciclo global del carbono y acumulación de gases de efecto invernadero en la atmósfera: Pseudomonas stutzeri es el microrganismo desnitrificante mejor conocido, jugando un papel clave en la producción natural de nitrógeno y óxido nitroso gas, con su consecuente liberación a la atmósfera.
La secuenciación y el análisis genómico comparativo de cepas de P. stutzeri en fecha de hoy incluye cepas representativas de hasta 6 genomovares, de los 18 hasta ahora descritos en la especie. Todas las cepas han sido seleccionadas por sus propiedades fisiológicas y como representantes de diferentes genomovares de la especie, en detalle:
- ZoBell es de origen marino (anteriormente clasificado como "P. perfectomarina"), en representación de la genomovar 2 y considerado como micoorganismo modelo en los estudios del proceso de desnitrificación biológica. Es el microorganismo desnitrificante mejor estudiado. La mayoría de los estudios de biorremediación se han realizado con cepas bacterianas en proceso aeróbico. La desnitrificación es un proceso anaeróbico en el que varias cepas de P. stutzeri son capaces de utilizar los contaminantes aromáticos cuando el oxígeno es el factor limitante, utilizando nitrato como aceptor terminal de electrones.
- JM300 es el organismo modelo para los estudios de transformación natural, y un organismo excelente para el análisis genético en el medio ambiente y la propagación de los genes de degradación;
- AN10 es una cepa que pertenece a la genomovar 3 y fue aislada de sedimentos marinos altamente contaminados por hidrocarburos. Ha sido estudiado ampliamente estudiada por el grupo de Microbiología de la UIB por su capacidad para mineralizar compuestos aromáticos;
- CCUG 11256 T es la cepa tipo de la especie y se utiliza como referencia. Pertenece a la genomvar 1 y es de origen clínico. La adaptación de la especies a este hábitat totalmente diferente merece ser estudiado;
- 19SMN4 es la cepa de referencia de la genomovar 4, aislado a partir de sedimentos marinos altamente contaminados en el Mediterráneo;
- NF13 es una cepa que al igual que AN10 pertenece a la genomovar 3. Se aisló de las fuentes hidrotermales de las profundidades del océano (2.500 a 2.600 m) y es capaz de crecer a bajas temperaturas (por ejemplo, 4 ° C). Además, sus peculiares actividades enzimáticas especialmente diferentes del resto de los miembros de la genomovar 3 la hacen particularmente interesante.
- La cepa tipo de Pseudomonas balearica (DSM 6083 T), antigua genomovar 6 dentro de P. stutzeri y ahora reconocida como una nueva especie dentro del género Pseudomonas (Bennasar et al, 1996).
Pseudomonas stutzeri es una de las especies genéticamente más diversas que se ha descrito hasta el momento. La elucidación de los mecanismos que subyacen a esta diversidad deberían contribuir a la comprensión del fenómeno de especiación microbiana. Así, P. stutzeri es utilizado como organismo modelo para comprender la evolución bacteriana y la adaptación de las cepas bacterianas, por ejemplo, a ambientes contaminados para su desintoxicación. Entre los resultados que se pretenden obtener a través de los proyectos genómicos que se desarrollan en el seno del grupo de Microbiología, esperamos avanzar en los siguientes aspectos:
1. Determinación de los genes principales de la especies que componen su "columna vertebral" genética, junto con los genes accesorios restantes, que definen su adaptación a diferentes hábitats, determinando los ecotipos de la especie;
2. Su uso para estudios proteómicos, definiendo el transcriptoma;
3. El estudio de la plasticidad genómica, reordenamientos de los genes, las integraciones de plásmidos y delecciones, especialmente bajo condiciones de estrés. El diseño y el uso de microarrays o la aplicación de métodos de Next Generation Sequence (NGS) al transcriptoma serán muy útiles.
4. La secuencia de los genomas facilitará el análisis de la interacción entre la cepa bacteriana correspondiente y el medio ambiente, a través de la tecnología de expresión in vivo;
5. La comprensión de la capacidad de transformación natural de la especie para capturar genes del medio ambiente, así como para obtener nuevas propiedades fisiológicas;
6. Evaluación de la función potencial como lanzadera para la introducción controlada de genes en ambientes de destino;
7. La secuenciación del genoma proporcionará información valiosa sobre los mecanismos de transferencia lateral de genes en los ambientes naturales.
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